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在日本神话中，太阳神天照大神的后裔神武天皇于公元前660年建立日本国并即位为天皇。今日的考古学证据则表明，古代的日本是由众多的部落国家以及自东北亚迁徙来的游牧民族融合演变而成的。大约在公元前一万年开始，日本进入新石器时期，是为绳纹时代（公元前一万年至公元前3世纪）和弥生时代（公元前3世纪至公元3世纪）。
在弥生时代时期，伴随着来自中国和朝鲜人的移入，出现了陶器、铁和铜器；还出现了成块的水田，日本成为了一个农业社会[6][7]。
公元3世纪后半期到4世纪初，日本已经出现了统一政权—大和王权。这段时期，日本透过朝鲜诸国及一直吸收来自于亚洲大陆的文化。587年，豪族苏我氏的头目苏我马子打倒了物部守屋，又在592年暗杀了崇峻天皇、立女皇推古天皇为帝，圣德太子摄政，日本进入飞鸟时代。圣徳太子制定了冠位十二阶，并颁布了宪法十七条，试图建立一个以天皇为中心的国家。圣徳太子过世后，苏我氏长期掌权。645年，中大兄皇子和中臣镰足暗杀了苏我入鹿，掌握了政权。中大兄皇子拥立孝德天皇即位，推动大化革新等改革，仿效中国唐朝的政治制度，试图建立一个律令制的国家。710年，元明天皇迁都平城京，日本进入了奈良时代，律令制国家也日益成熟。日本的版图在这时也逐渐扩张，征服了东北地方部分地区和南九州。
修建于平安时代的平等院凤凰堂奈良时代后期，政局动荡，律令制松弛。794年，桓武天皇迁都平安京（现在的京都），此后到1192年成立镰仓幕府的这段期间是为平安时代。嵯峨天皇时期的‘新撰姓氏录’，记录了居住在京都及畿内的1182个氏族，其中“汉”为163氏，“百济”为104氏，“高句丽”为41氏，“新罗”为9氏，“任那”为9氏，说明当时日本与大陆交流十分频繁。这一时期，随着地方庄园势力的不断增强和朝廷的内乱，军人阶层即所谓的日本武士逐渐上升到权力的中心。
平安时代末期，出现了以东国为势力范围的源氏和以西国为势力范围的平氏两个庞大的武士势力，1159年，发生平治之乱，源氏实力虽遭遇很大削弱，但在东国仍拥有强大实力，国家内战频仍。经过长期的源平合战，平氏被赶出京都，于1185年在坛之浦之战中彻底覆灭[8]。
1192年，武士首领源赖朝被封为征夷大将军，建立镰仓幕府，开始了日本600多年的幕府时代，展开了军政统治。源赖朝过世后，赖朝妻子的娘家北条氏实力扩大。三代以后权利转归北条氏之手。承久之乱后，北条氏的合议制执权政治达于全盛。1232年（贞永元年），北条泰时制订法典《御成败式目》[9]（《贞永式目》）。该法典最初仅适用于武家内部，后来适用于全国。1274年（文永十一年）与1281年（弘安四年），蒙元两次侵日都未能成功，而战后受货币经济影响，无法恩赏抗元官兵，导致御家人的贫困与御家人制度的解体。北条氏实行一族独裁，加深御家人和非御家人武士的反感。地方武士和农民的联合武装团体到处进行反幕活动。幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变。倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓，镰仓幕府灭亡。
后醍醐天皇掌握大权以后，并没有满足武士阶层的期望。大军阀足利尊氏成为所有武士的代表，于1336年攻陷京都，扶持两统迭立中的持明院统光明天皇即位。大觉寺统的后醍醐天皇把持着日本皇室的三神器逃到吉野山中，坚持自己才是正统。于是出现了京都（北朝）和吉野（南朝）两个对立的朝廷。足利尊氏则在京都建立了室町幕府。南北朝的征战持续了将近60年，1392年才告结束，由室町幕府拥立的北朝天皇得到国家元首的地位[10]。
户时代的日本城堡（姬路城）室町幕府末期发生了应仁之乱，日本进入了群雄割据的战国时代。1573年，大名织田信长，亦是当时最强悍的诸侯，攻下室町幕府所在地二条御所，将足利义昭流放到河内国，室町幕府灭亡。日本历史进入安土桃山时代。1582年，织田信长在本能寺之变中，因家臣明智光秀兵变而被害。信长重臣羽柴秀吉继承了其势力，继续进行统一日本的战争。1586年，秀吉受赐姓丰臣氏并就任太政大臣与关白的官职；1590年完全统一了日本，隔年秀吉将关白一职让与过继来的养子丰臣秀次，自称太阁，以世袭的方式宣示丰臣政权的稳定。秀吉控制大部分的大名诸侯，联兵在1592年发动侵朝战争。1598年7月，秀吉在伏见城过世，日军开始撤出朝鲜半岛。
1600年，封地在关东地方的大名德川家康取得了关原之战的胜利[11]，基本上获得军、政上的优势。1603年，家康被任命为征夷大将军，开创江户幕府。1615年，德川家康在大坂之役中完全消灭了丰臣氏的势力，实现了日本的统一，江户幕府也成为日本实际上的统治者。江户幕府实行日本独特的封建体制－幕藩制，将社会分为士农工商四个阶级及秽多、非人等贱民，基本上阶级间的流动受到限制,但随着后期经济文化的高度发展,阶层间的兴衰、流动与冲突也加剧。
佩里的“黑船”敲开了日本的国门 1543年，一艘葡萄牙船漂流到种子岛，这是日本第一次接触欧洲人。时日本正值战国纷扰，葡萄牙人将火枪带入日本，并快速普及。天主教也在这时进入日本。然而传教活动与发达的贸易逐渐威胁到江户幕府的统治。1641年幕府把荷兰商馆迁移到长崎的出岛，奉行锁国政策。锁国期间日本只与荷兰和中国进行贸易。锁国政策奉行了200多年，但同时兰学也在日本生根发芽，日本人通过与荷兰人经商学习西方的知识，直到1854年美国海军准将马休·佩里率领舰队驶抵江户附近的浦贺，才重新敲开了日本的国门[12]。与西方重新接触后的日本立即感受到自己在世界舞台长时间的缺席已造成相当程度上的落后。幕府末年暴动频繁，幕藩体制摇摇欲坠。在以西南四藩（萨摩、长州、土佐、肥前）为主的维新志士带领下，开启了一场全国性的倒幕尊皇运动。
1867年末代德川幕府将军德川庆喜主动大政奉还，以明治天皇为首的新政府成立。1867年开始的明治维新对日本进行了大刀阔斧的多项改革，在地方政治上废藩置县，1889年颁布了《大日本帝国宪法》即是所谓的明治宪法，1890年举行了第一次帝国议会。整顿内政的同时日本也在进行对外扩张。1879年，日本兼并了琉球国；1895年与清朝爆发甲午战争并取胜，获得了台湾与巨额的银元赔款；1905年在日俄战争中获胜，取得了北纬50度以南的库页岛（桦太）。1910年与韩国签订了日韩合并条约，使朝鲜半岛成为了日本的一部分[13]。
20世纪初，日本帝国主义逐渐形成。第一次世界大战增强了日本的经济实力，日本进入短暂的“大正民主”时期。1923年9月，日本发生关东大地震[14]，死亡人数达13万人，日本经济遭遇重创；1927年4月由于日本政府对台湾银行的救济失败，引发全国性金融危机；1930年，世界经济陷入严重衰退，日本未能幸免。这期间滨口内阁失败的经济政策引发人民的严重不信任，右翼势力借此扩张。1931年，日本发动满州事变，在中国东北建立满洲国。1936年2月26日发生了二二六事件[15]，广田弘毅组阁，军部对政治的干预进一步增强。1937年7月，大日本帝国与中华民国爆发中日战争，战争中日本不断进逼，占领中国多处领土，蒋中正率领的国民政府军队只能退守中国西南一带。12月13日，日军占领南京，展开南京大屠杀，受害之中国人民则估计至少达300000以上。
1941年日军偷袭位于夏威夷的美军基地珍珠港，太平洋战争爆发，日本正式向美国、英国和荷兰宣战，同时开始进军东南亚及大洋洲。中途岛战役是太平洋战争的转折点。战争后期，日本本土受到盟军的密集轰炸，造成数百万人丧生与工业设施的损毁。1945年8月6日和9日，美军分别在广岛市和长崎市投下两枚原子弹；8月8日，苏联对日本宣战；8月15日，裕仁天皇透过电台广播宣布投降，9月2日，日本政府调印降伏文书，第二次世界大战之交战正式结束[16]。
广岛原爆圆顶从战败到1952年期间，日本实际被盟军军事占领，由盟军司令（GHQ）统治[17]，美军实行财阀解体政策，对垄断资本进行大规模重组。1950年，伴随韩战而生的“特需繁荣”让日本经济进入高速发展期。
1956年12月18日，日本加入联合国[18]。1964年，东京成功举办奥运会；同年日本加入了经济合作与发展组织，正式跻身于先进国家之列。1973年，由于能源危机，日本经济由高速成长转入安定成长阶段，但成长速度仍是西方先进国家中的前列。日本在国际上的影响力也与日俱增。战后的日本长期由自民党执政，是为所谓“55年体制”直到1993年才出现短暂换届。
1990年代初期，日本泡沫经济崩溃，经济陷入长期不景气阶段。这一时期失业攀升，国债与赤字庞大，加上奥姆真理教发动的一系列恐怖攻击与阪神大地震社会陷入不安。进入21世纪初期日本经济透过往新兴市场出口出现小波段复苏的伊邪那美景气[19]，但是后续发生全球金融海啸和福岛核灾经济陷入困境，新力和丰田指标性大企业纷纷爆出巨大亏损[20]，自民党下台，广称“失落的20年”困境。
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